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microRNA分析服务

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最后更新: 2013-10-16 10:58
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公司基本资料信息
 
 
产品详细说明

        MicroRNA (miRNA)是一种大小约21—24个碱基的单链小分子RNA,是现在生命科学领域最热门的研究方向之一,然而,与新的miRNA的频频发现相比,miRNA的功能研究相对缓慢,导致miRNA功能研究进展缓慢的非常重要的原因是miRNA的作用靶标难以确定。
        到目前为止,通过实验方法确定miRNA的作用靶标非常耗时,尚无高通量的靶标鉴定方法,因此,通过理论方法预测miRNA的作用靶标成为当前识别miRNA作用靶标的较为理想的途径。
        敏芯科技在microRNA分析方面积累了丰富的经验,已搭建了相当成熟的分析平台,可以提供如下个性化服务:





项目一:全基因组microRNA预测

*目的:
        对新的microRNA进行生物信息学预测,以指导实验进行验证。

*实现步骤:
        编写PERL脚本程序从mRNA序列中减除编码蛋白的序列(CDS)从而获得基因的5’-UTR和5’-UTR序列。其中的3’-UTR序列被收集起来,建立了待测物种3’-UTR序列数据库。使用miRanda等软件,对上述的数据进行microRNA结合位点的预测。





项目二:microRNA 转录因子预测分析

*目的:

        对已知的microRNA进行上游转录因子(TF)预测,以指导实验进行验证。

*实现步骤:
        针对目标microRNA,提取TSS上游5000bp序列和下游500bp序列作为转录因子(TF)预测的数据。转录因子数据库使用TRANSFAC 7.0 public。转录因子结合位点预测使用pwmatch程序,设置log-odds的cutoff值。
 




项目三:靶基因预测

-非编码区靶基因预测-
非编码区靶基因预测由miRanda等多个软件分别进行预测,对于有些无法对应的microRNA,则参考了miRGator软件。
我们一般取几种软件(PicTar、Target-Scan、miRanda等)预测结果的交集,即overlap部分。

-编码区靶基因预测-
08年来,在PNAS,Science等顶级杂志报道了在基因编码区发现了microRNA的靶向位点,又将microRNA研究提升到一个新高度。我公司针对这一热点,开发了编码区靶基因预测服务项目。




代表文献:
1. Oct4 and Sox2 coding regions modulate embryonic stem cell differentiation. Nature. 17 September 2008
2. miR-519 reduces cell proliferation by lowering RNA-binding protein HuR levels. PNAS,. Dec 23 2008

项目四:MicroRNA三维结构预测及相关分析

        利用Nature及PNAS等报道的相关技术,我们开发了microRNA三维结构预测平台,该平台可以针对microRNA三维结构进行精确的预测。现已经在microRNA抑制剂的筛选,microRNA靶基因的精确查找等诸多领域开始应运,已经成功为多家单位开展了microRNA的研究,项目进展顺利。

*应用一:microRNA小分子抑制剂的研究
        通过构建出microRNA的三级结构,并找到其药物靶点;然后通过对小分子化合物的三级结构预测,预测能够抑制miroRNA活性的小分子化合物。


*应用二:microRNA靶基因位点的精确定位-
        常规的microRNA靶基因鉴定方法是从TargetScan、PicTar等靶基因数据库中查找能够匹配的基因,然而这样找到的基因数量众多,另一方面,如果知道了靶向基因,如何找到与其能够精确结合的microRNA,一直是比较难解决的问题。对此,我们利用microRNA与靶基因的结合自由能及物种保守性等标准,从二级及三级结构出发,查找能够互相精确匹配的mciroRNA与靶基因。
      

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